Hypothalamus reglerar kroppens endokrina system och därmed exempelvis hunger, törst och sömn. Detta gör hypothalamus genom sin kontakt med hypofysen (pituitary gland).

Hypothalamus är inblandad i repoduktiva beteenden.

Den största skillnaden i hjärnan mellan könen är att män tenderar ha något större hypothalamus än kvinnor.

Det är hypothalamus som triggar stressresponsen i kroppen dels genom att skicka en nervsignal till binjurarna om att utsöndra adrenalin (fast-acting pathway) och dels genom att skicka CRH till hypofysen som i sin tur utsöndrar ACTH vilket startar slow-acting pathway.