Vi vet mest om amygdalas koppling till rädlsa men den kan även vara viktig vid andra emotioner. Amygdala fungerar som hjärnans yttre alarmsystem och är tätt förknippat med negativa känslor som ångest och rädsla. På grund av detta har amygdala en kritisk betydelse vid inlärning av rädsloresponer (klassis betingning). Skador på amygdala förhindrar djuret från att känna rädsla samt orsakar ett förändrat socialt och sexuellt beteende. Djur med skador på amygdala får även problem med att känna igen rädsla hos andra.

Vid vissa stimuli, typ ormar, går ssynintrycket från thalamus direkt till amygdala utan att behöva passera genom cortex. Från amygdala går signaler till hjärnstammen som triggar en fysiologisk respons.

Amygdala är en del av den mesolimbiska banan som är central för vår motivation.